Keputusan mendirikan SOS Children’s Village di Flores diambil setelah gempa bumi dahsyat pada Desember 1992. Bencana ini menyebabkan banyak anak-anak menjadi yatim piatu atau terlantar. Flores adalah daerah jajahan Portugis dan sebagian besar penduduknya beragama Katolik. Berada di pesisir pantai, suhu disana sangat panas dan kering.
 
SOS Children’s Village Flores diresmikan pada tahun 1998 oleh Presiden SOS Children’s Villlage Internasional, Helmut Kutin. Berada di desa Waturia, 14 km sebelah barat kota Maumere. Pulau ini sering mengalami gempa bumi, sehingga bangunan SOS Children’s Village dilengkapi konstruksi atap khusus yang anti gempa. Dan lantai di seluruh bangunan pun telah ditinggikan agar lebih aman dari tsunami.
 

 
Ada 15 rumah keluarga, sebuah rumah untuk pimpinan village, sebuah aula multiguna, perpustakaan, sebuah tempat bermain, dan beberapa area administrasi. Kebun sayur pun disediakan untuk setiap keluarga. Pohon buah-buahan, seperti manga, papaya dan asam jawa tumbuh di SOS Children’s Village Flores.
 
20 Januari 1995, SOS Children's Village Flores diresmikan oleh Uskup Mgr. Longginus da Cunha, Presiden SOS Children's Villages International Helmut Kutin, Founder SOS Children's Villages Indonesia Agus Prawoto yang dihadiri juga Bupati Sikka. Taman Kanak-Kanak SOS diresmikan pada tahun 1998. Menampung sekitar 90 murid dari SOS Children’s Village dan masyarakat sekitar. 

 
Remaja laki-laki umumnya pindah dari desa ke rumah remaja ketika mengikuti kursus keterampilan atau menempuh pendidikan ke jenjang lebih tinggi.
Dengan dukungan dari para edukator yang terpilih, remaja-remaja ini belajar untuk mengembangkan perspektif yang realistis tentang masa depan, belajar bertanggung jawab dan berani mengambil keputusan sendiri.
Merekapun dilatih untuk mengembangkan semangat kerja tim, menjaga hubungan dengan sanak keluarga dan teman, termasuk juga para aparat sekitar dan pihak-pihak  yang berpotensi untuk mempekerjakan mereka.

 
SOS  Social Center menawarkan program penguatan bagi keluarga, penyuluhan kesehatan, dan konsultasi psikologi. Program ini dirancang untuk memastikan anak-anak memiliki akses ke pelayanan penting, seperti akses pendidikan kesehatan dan mendapatkan dukungan secara psikologi. Setiap keluarga diberikan pengetahuan tentang pengasuhan anak yang berkualitas, pelatihan untuk mendapatkan penghasilan tambahan, bagaimana berhubungan dengan pemerintah daerah setempat. Saat ini kemampuan mereka dalam mengasuh anak dan kesadaran akan pentingnya hak dasar anak semakin meningkat.